เมื่อวันที่ 12 กันยายน 2560 สมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินแทนพระองค์ ไปในการพิธีพระราชทานปริญญาบัตร และประกาศนียบัตร แก่ผู้สำเร็จการศึกษา จากมหาวิทยาลัยมหิดล และสถาบันสมทบ ประจำปีการศึกษา 2559 ณ มหิดลสิทธาคาร มหาวิทยาลัยมหิดล ศาลายา สำหรับพิธีพระราชทานปริญญาบัตร ประจำปีการศึกษา 2559 มีผู้สำเร็จการศึกษาจากมหาวิทยาลัยมหิดล ทั้งสิ้น 6,189 ราย มีผู้เข้ารับพระราชทานปริญญาบัตรภาคเช้า จำนวน 3,141 ราย ภาคบ่าย จำนวน 3,048 ราย โดยรวมถึงผู้สำเร็จการศึกษาจากสถาบันสมทบ นอกจากนี้ มีผู้ทรงคุณวุฒิเข้ารับพระราชทานปริญญาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ จำนวน 7 ราย รางวัลมหาวิทยาลัยมหิดล จำนวน 6 ราย เกียรติบัตรศาสตราจารย์เกียรติคุณ 11 ราย และศาสตราจารย์คลินิกเกียรติคุณ จำนวน 3 ราย
มหาวิทยาลัยมหิดล เป็นสถาบันการศึกษาชั้นนำของประเทศ มีการขยายหลักสูตรการศึกษาออกไปหลากหลายสาขาวิชา เพื่อให้ครอบคลุมต่อความต้องการของประเทศ ปัจจุบันมีหลักสูตรไทย – นานาชาติที่เปิดสอนในระดับปริญญารวม 369 หลักสูตร (หลักสูตรไทย 179 หลักสูตร / หลักสูตรนานาชาติ 190 หลักสูตร) โดยมีหลักสูตรที่เปิดสอนในระดับดุษฎีบัณฑิต จำนวน 84 สาขาวิชา เป็นมหาวิทยาลัยวิจัยที่ให้ความสำคัญต่อการผลิตผลงานวิจัยเพื่อการพัฒนาคุณภาพชีวิต ซึ่งในแต่ละปี มหาวิทยาลัยมหิดลมีผลงานวิชาการเป็นจำนวนมาก ที่ได้รับการตีพิมพ์เผยแพร่ในวารสารระดับนานาชาติ ส่งผลให้มหาวิทยาลัยมหิดลยังคงได้รับการจัดอันดับจากหลายสถาบัน เป็นมหาวิทยาลัยอันดับ 1 ของประเทศไทย ตลอดหลายปีที่ผ่านมา พิธีพระราชทานปริญญาบัตรในปีนี้เป็นปีที่ 4 ที่มหาวิทยาลัยมหิดลจัดขึ้นที่ มหิดลสิทธาคาร ซึ่งเป็นหอประชุมแห่งใหม่ของมหาวิทยาลัยมหิดล และ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานชื่อว่า “มหิดลสิทธาคาร” ซึ่งหมายถึง “อาคารที่มีความสำเร็จแห่งมหาวิทยาลัยมหิดล” ชื่อในภาษาอังกฤษว่า“Prince Mahidol Hall”
พระราโชวาท สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี ในพิธีพระราชทานปริญญาบัตรแก่ผู้สำเร็จการศึกษาจากมหาวิทยาลัยมหิดล ประจำปีการศึกษา 2559 มีดังนี้
“..ขอแสดงความชื่นชมต่อผู้ทรงคุณวุฒิและบัณฑิตทุกคนที่ได้รับเกียรติและความสำเร็จ ปริญญาบัตรที่บัณฑิตได้รับในวันนี้เป็นสิ่งที่มีความหมายมาก เพราะเป็นเครื่องหมายแห่งการรับรองความรู้ความสามารถของแต่ละคน ในฐานะที่ได้สำเร็จการศึกษาตามหลักสูตรของมหาวิทยาลัยอย่างครบถ้วน ความสำเร็จทั้งนี้ ส่วนหนึ่งย่อมมาจากตัวบัณฑิตเอง ที่มีความอุตสาหะพากเพียรในการเล่าเรียนมาโดยตลอด แต่อีกส่วนหนึ่งซึ่งสำคัญไม่แพ้กัน มาจากบุคคลรอบข้าง เช่นผู้ปกครองและครูบาอาจารย์ ที่คอยประคับประคองเกื้อกูล สนับสนุนส่งเสริมบัณฑิตในทุกๆด้าน บุคคลเหล่านี้เป็นผู้ที่มีอุปการะอย่างสูง ควรที่บัณฑิตจะได้สำนึกระลึกถึงและตอบแทนคุณ ด้วยการดูแลสงเคราะห์ท่านตามควรแก่ฐานะ ตลอดจนดำเนินชีวิตและประกอบกิจการงานในทางที่ดีที่สุจริต โดยนำความรู้ ความสามารถที่ได้สร้างสมอบรมจากการศึกษาเล่าเรียนมาใช้ให้บังเกิดผลเป็นประโยชน์สร้างสรรค์อย่างเต็มที่ การตอบแทนคุณด้วยวิธีนี้ เป็นสิ่งที่ทุกคนสามารถกระทำได้ทันที ไม่ต้องรอวาระรอโอกาสแต่ประการใด ทั้งยังจะเป็นปัจจัยส่งเสริมให้ความดีความเจริญบังเกิดเพิ่มพูนขึ้น และแผ่กว้างไปไม่มีที่สิ้นสุดอีกด้วย..”
