ทำเนียบผู้บัญชาการมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ (พ.ศ. 2486 – พ.ศ. 2512)

ศาสตราจารย์ นายแพทย์ พระอัพภันตราพาธพิศาล (กำจร พลางกรู)


(ดำรงตำแหน่งเมื่อวันที่ 12 มีนาคม พ.ศ. 2485 – วันที่ 16 เมษายน พ.ศ.2488)

ศาสตราจารย์ นายแพทย์ หลวงเฉลิมคัมภีร์เวชช์ (เฉลิม พรหมมาส)


(ดำรงตำแหน่งเมื่อวันที่ 17 เมษายน พ.ศ. 2488 – วันที่ 15 กันยายน พ.ศ. 2500)

ศาสตราจารย์ นายแพทย์ หลวงพิณพากย์พิทยาเภท (พิณ เมืองแมน)


(ดำรงตำแหน่งเมื่อวันที่ 16 กันยายน พ.ศ. 2500 – วันที่ 15 สิงหาคม พ.ศ. 2501)

ศาสตราจารย์นายแพทย์สวัสดิ์ แดงสว่าง


(ดำรงตำแหน่งเมื่อวันที่ 16 สิงหาคม พ.ศ. 2501 – วันที่ 2 มิถุนายน พ.ศ. 2507)

ศาสตราจารย์นายแพทย์ชัชวาล โอสถานนท์


(ดำรงตำแหน่งเมื่อวันที่ 3 มิถุนายน พ.ศ. 2507 – วันที่ 8 ธันวาคม พ.ศ. 2512)

ทำเนียบอธิการบดีมหาวิทยาลัยมหิดล (พ.ศ. 2512 – ปัจจุบัน)

ศาสตราจารย์นายแพทย์ชัชวาล โอสถานนท์


(ดำรงตำแหน่งเมื่อวันที่ 9 ธันวาคม พ.ศ. 2512 – วันที่ 30 พฤศจิกายน พ.ศ. 2514)

ศาสตราจารย์นายแพทย์กษาน จาติกวนิช


(ดำรงตำแหน่งเมื่อวันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ. 2514 – วันที่ 8 ธันวาคม พ.ศ. 2522)

ศาสตราจารย์เกียรติคุณนายแพทย์ณัฐ ภมรประวัติ


(ดำรงตำแหน่งเมื่อวันที่ 9 ธันวาคม พ.ศ. 2522 – วันที่ 8 ธันวาคม พ.ศ. 2534)

ศาสตราจารย์เกียรติคุณนายแพทย์ประดิษฐ์ เจริญไทยทวี


(ดำรงตำแหน่งเมื่อวันที่ 9 ธันวาคม พ.ศ. 2534 – วันที่ 8 ธันวาคม พ.ศ. 2538)

ศาสตราจารย์เกียรติคุณนายแพทย์อรรถสิทธิ์ เวชชาชีวะ


(ดำรงตำแหน่งเมื่อวันที่ 9 ธันวาคม พ.ศ. 2538 – วันที่ 8 ธันวาคม พ.ศ. 2542)

ศาสตราจารย์เกียรติคุณ ดร.นายแพทย์พรชัย มาตังคสมบัติ


(ดำรงตำแหน่งเมื่อวันที่ 9 ธันวาคม พ.ศ. 2542 – วันที่ 8 ธันวาคม พ.ศ. 2550)

ศาสตราจารย์คลินิก นายแพทย์ปิยะสกล สกลสัตยาทร


(ดำรงตำแหน่งเมื่อวันที่ 9 ธันวาคม พ.ศ. 2550 – 8 ธันวาคม พ.ศ. 2554)

ศาสตราจารย์ นายแพทย์รัชตะ รัชตะนาวิน


( ดำรงตำแหน่งเมื่อวันที่ 9 ธันวาคม พ.ศ. 2554 – 31 ธันวาคม 2557)

ศาสตราจารย์ คลินิกนายแพทย์ อุดม คชินทร


( ดำรงตำแหน่งเมื่อวันที่ 5 มกราคม พ.ศ. 2558 -31 กรกฎาคม 2560)

ศาสตราจารย์ นายแพทย์บรรจง มไหสวริยะ


( ดำรงตำแหน่งเมื่อวันที่ 1 สิงหาคม 2560 – ปัจจุบัน)